En el año 1867, el Reverendo Padre Juan Bautista Díaz, Guardián de la Recoleta Franciscana de Santiago de Chile, recibe por inspiración divina el privilegio de fundar la Congregación de Hermanas Terceras Franciscanas Misioneras.

Siendo en ese entonces Arzobispo don Rafael Valdivieso, aprueba esta inspiración y el 8 de Diciembre de 1867 formo un Beaterio con distinguidas señoritas que querían ser mejores, virtuosas y abnegadas en el servicio del prójimo, y que fueron revestidas por un sayal al modo de los franciscanos Claustrales; se les dio a observar la Regla que el Sumo Pontífice León X a las Terceras Franciscanas Claustrales, sumándoles las Constituciones.

La pequeña comunidad se instalo en una casa de la calle Dávila, con el nombre de “Casa del Corazón de María”. Como obra de Dios, Crecía, manteniendo siempre el Apoyo del Padre Juan Bautista Díaz y de los presbíteros Clemente Díaz y Miguel Tagle. En 1887 es nombrado Vice-Prefecto de Misiones el Padre Antonio de Jesús Márquez, que deseaba ardientemente civilizar y educar a los hijos de la noble raza Araucana”. Animado por estos sentimientos, concibió en su mente la alta idea de fundar una “Escuela Misional”, que fuera regentada por hermanas, y fue así como dirigió su mirada a Europa y Perú en busca de estas religiosas, pero no fue posible por falta de personal y por disposición de la Divina Providencia.

Decepcionado ante la imposibilidad de obtener tan elevada aspiración, tuvo noticias de la existencia del Beaterio que bajo el nombre de Hermanas Terceras de Penitencia, de nuestro Padre San Francisco, se dedicaban a obras de piedad bajo la dirección del Padre Fray Juan Bautista Díaz. Tomó contacto con el para ver la posibilidad de que estas jóvenes, entregadas de lleno a los preceptos de la Fe en Cristo y la divulgación de su doctrina se encargaran de tan noble y arriesgada misión: la de penetrar en el corazón de la Araucania para civilizar, convertir, instruir y educar a las mujeres y niñas araucanas. De las diez jóvenes que formaban el grupo, cinco se quedaron en Santiago, las que años más tarde dieron origen a la congregación “Hijas de la Misericordia ”. Las otras cinco que decidieron ir a Angol, lo hicieron con ánimo resuelto, incluso exponiendo sus vidas por amor a Cristo y a sus hermanos. Bajo el nombre de “Hermanas Terceras Franciscanas Misioneras de la Inmaculada Concepción ” y con la autorización del Ilustrísimo Señor Obispo don Mariano Casanova y la venia del Presidente de la República don José Manuel Balmaceda, se trasladaron a la Araucania , el día 11 de Septiembre de 1889 las cinco hermanas que a continuación se mencionan: Hna. Maria del Carmen del Crucificado Fuenzalida Iturriaga, Hna. Concepción del Sagrado Corazón Arias Oyarzún, Hna. Margarita de Santa Ana Gottz Cárdenas, Hna. Mercedes de San José Cañas Hermida, Hna. Ángela de San Miguel Guajardo Zamorano.

Fue elegida guía y Superiora del grupo la Madre María del Carmen Fuenzalida Iturriaga, y en el año 1917 fueron aprobadas las Constituciones por las cuales se regiría esta familia religiosa. La naciente congregación comenzó a fundar Colegios para cobijar a las niñas necesitadas y creó un pensionado para señoritas, iniciando con gran esfuerzo y sacrificio la obra que en nuestros días se sigue ampliando y proyectando con su trabajo dedicado a la educación y a la difusión del Evangelio en los lugares más apartados de nuestra Patria y más allá de sus fronteras.